山东三九药业有限公司是三九企业集团在山东省枣庄市高新技术开发区设立的通过GMP认证的现代化中药制剂生产基地，总资产6000万元，占地面积105亩，建筑面积20000平方米，公司拥有国内先进的制药设备和质量检测仪器。
现有颗粒剂、片剂、丸剂、胶囊、膏剂、口服液、合剂、油剂八种剂型七十余个产品，其中天母降压片、止嗽青果合剂为国家新药，感冒清热颗粒、小儿感冒颗粒、小儿咳喘灵口服液、健儿消食口服液、六味地黄丸、黄连上清丸为山东省名优产品。
公司奉行三九医药“高科技、高质量、高效益”的经营思想，发扬“建设新三九、实现新跨越”的企业精神。以一流的人才办企业，一流的设备从事生产，一流的产品提供于用户，一流的服务奉献于社会。
山东三九药业有限公司的前身是地方国有企业枣庄中药厂，早于深圳三九集团三年合法注册的“三九牌”商标，并成为省优名牌；三年后深圳三九集团注册“999”商标.
由于牵扯到商标相似纠纷，鉴于双方的国有因素，国家后将枣庄中药厂整合到深圳三九旗下，成立山东三九药业有限公司，深圳控股55%，枣庄国资委控股45%。深圳三九集团注册的“999”商标“双方共同使用”，枣庄中药厂注册的“三九牌”商标归山东三九药业有限公司“独有”。
现山东三九药业有限公司为深圳三九集团北方重要的999感冒灵生产基地；999感冒清热颗粒和999小儿感冒颗粒的全国唯一生产基地。
山东三九的产品质量上乘，可媲美北京同仁堂，栀子金花丸，板蓝根颗粒等效果绝佳，年产值超过2亿元。
